在法師進行科儀時，令旗被用來指揮神靈、驅趕邪祟，並調動陰兵等。此外，令旗也是權力的象徵，表示法師在儀式中的主導地位。

令旗通常有五種顏色，分別代表五營：

• 東營：青色

• 南營：紅色

• 西營：白色

• 北營：黑色

• 中營：黃色

這五種顏色對應五行，象徵東、西、南、北、中五個方位。在科儀中，法師會根據需要，手持相應顏色的三角形令旗，以調動對應方位的神靈或兵馬。其中，中軍令旗為四角形的黃色方旗，上書一個「令」字，象徵中央的統領。

五營神將是護法神靈，負責守護廟宇或村莊的東、西、南、北、中五個方位。五營旗作為五營神將的象徵，常被安置在廟宇的壇上或特定位置，以表示五營兵馬的駐守。

總之，令旗在三奶法科儀中扮演著重要角色，既是法師指揮神靈、驅邪避煞的工具，也是神聖的象徵，體現了三奶法儀式中對天地萬物的調和與掌控。